m_akashiさんこんばんは
昨日は観測に行かれたようですね。

自分はめげてしまいました。

>自作を考えたのですが、腕に自信がないのとボード類同士の相性の問題などのリスクを考えて既製品にしてしまいました

パソコンの自作はプラモデルを組み立てるより簡単です。ドライバー一本有ればでできてしまいます。m_akashiさんがおっしゃるとおり相性問題等が有ると言われていますが、ジャンク屋でジャンク品を拾ってこない限り最近はそんなに心配をする必要もないと思います。

どちらかというと難しいのは、ドライバーなどをOSに組み込んでハードを認識させる作業です。しかしこれ自体もコツさえ覚えてしまえばなんと言うことは有りません。逆にこの認識させる時の苦労さが自作するときの一番おもしろいところではないでしょうか？

自作機は初期投資がどうしても高くなってしまいがちです。これは考えてみれば当然でメーカーなどは大量に同じパーツを購入することによって単価を下げていますが、自作ではそうもいきません。
しかし、自作機の場合自分が不満に思っている性能をピンポイント向上させることができます。たとえば、画像処理の速度に不満が有るのであれば、cpuを変えるなり、メモリーを容量の大きなものに変えることが簡単にできていまいます。これによって、パソコンのライフを長くすることが可能となります。（そのうち余った部品でもう一台パソコンが組み立てられてしまいますが・・・これもメリットの一つ？）。ここはメーカー製のパソコンでは簡単にできないことが多いので、性能に不満を感じた場合買い換えしか選択しかない場合が多々あります。
今回m_akashiさんが買われたのはゲートウエイとのことなので、その中身は汎用部品（規格品）を使って組み立てられていると思いますので、今後性能向上を考えられるのであれば、そのマシーンをベースに自作にチャレンジされてみてはいかがでしょうか？。

お星様と関係ない話をしてしまいましたが何かわからないことがあれば聞いてください。

p.s.
こんな話を書いているとそちらの方を仕事にしていると思われるかもしれませんが、いちを「ばけがく（めっき）」を本業としております・・・
毎日、りゅうさんや、えんさん等をさわって生活しております。

hjd