MS-IMEとATOKの両刀使いですね。すごいですね。
　初めの一文字の変換ミス、あちこちで見ました。atokに限らず、起こる現象のようです。私は、普段、カナ漢字入力することが多いので気づいていませんでした。
　『いつのまにか慣らされてしまう』・・・そういうことあるようです。
　実は、GoogleCromeを使っているのですが、web上で連文節で日本語変換すると変換の文字に水色の色がつかず、アンダーラインだけになっていました。なんとなく変だなとは思いつつ、あらためて調べてみると，やはり同じようなことが起きていることが報告されていました。詳しくは読んでいませんが、JUSTSYSTEMのホームぺージに解説があるようです。FIRE FOXでは、そのことは起きません。